分子實驗室必備-多片段DNA無縫克隆預混液

我們常了解到的DNA克隆方法通常采用限制性酶切和連接的策略,以將目標DNA片段與克隆載體連接起來。這種方法存在一些不足之處。首先,如果目標DNA片段或克隆載體缺乏合適的酶切位點,就需要引入額外的序列或使用其他限制性內切酶,這增加了操作的復雜性和耗時。其次,限制性酶切和連接方法的連接效率和準確性可能受到多種因素的影響,例如酶切位點的完整性、連接酶的效能和反應條件(如溫度和時間)等。這些因素的變化可能導致連接產物的多樣性和不確定性。

基于重組原理的無縫克隆技術,作為新一代的克隆方法,不依賴繁瑣的酶切、連接步驟,也不需要末端補平等操作,可以有效克服限制性酶切與連接的缺點,依據DNA片段與線性化載體末端的15~25 nt同源序列的重組,可將插入片段克隆至任意線性載體的任意位點,載體自連背景極低,是一種簡單、快速、高效的DNA定向克隆技術。

 

Biogradetech的FlyCut™ DNA Assembly Mix Plus無縫克隆預混液,一次反應可完成單至多個 DNA 片段的重組,最快僅需 5分鐘即可完成單片段重組,且陽性率高于95%。預混液中添加的輔助因子,有效提高克隆陽性率;經優化的反應體系,能夠一定程度上耐受未純化 PCR 產物中含有的雜質。升級版的無縫克隆試劑盒具有更高的陽性率、更好的兼容性。

貨號 C-BSM1202-50rxns
名稱 FlyCut™ DNA Assembly Mix Plus?快速多片段DNA無縫克隆預混液
組分 FlyCut™ DNA Assembly Mix Plus——250ul
pUC19 Control Plasmid,Linearized (Amp, 40 ng/ul)——5ul
500 bp Control Fragment (20 ng/ul)——5ul
優勢 使用簡單:兼容PCR與酶切體系,省去繁瑣的純化步驟
超高效率:可以穩定支持5-6片段在同一克隆體系
穩定可靠:37℃放置一周或凍融30次,無明顯下降

 

多片段DNA無縫克隆流程

1.線性化克隆載體制備

選擇合適的克隆位點,對載體進行線性化,載體的線性化可以通過酶切或反向 PCR 擴增完成。

1.1酶切制備:一些限制性內切酶不能有效地消化超螺旋 DNA,因此可能會留下不同數量的未切割載體 DNA,降低陽性率。推薦使用 FlyCut™快速內切酶進行酶切(單酶切或者雙酶切),使載體線性化完全,以降低轉化背景(未切割的載體轉化獲得的假陽性克?。?/p>

1.2反向 PCR擴增制備:為減少擴增突變的引入,推薦使用高保真 PCR Mix 進行擴增。推

薦使用預線性化質粒作為模板,以減少環狀質粒模板殘留對克隆陽性率的影響。

2.插入片段PCR引物設計

PCR 引物的5'端必須包含與其相鄰片段(插入片段或載體)末端同源的15~25 nt(推薦18 nt)序列。假如載體為粘性末端,且3' 端突出,則引物設計必須包含突出部分;若5'端突出,則引物設計可以包含突出部分,也可以不包含。

插入片段正向擴增引物:5'-上游載體末端同源序列+酶切位點(可選)+基因特異性正向擴增序列-?3'

插入片段反向擴增引物:3'-基因特異性反向擴增序列+酶切位點(可選)+下游載體末端同源序列-5'

 

2.插入片段PCR引物設計

 

本產品中所提供的pUC19載體(Ampr)連接端序列如下:

 

3.插入片段的 PCR 擴增

推薦使用高保真PCR 預混液進行擴增,以減少擴增突變的引入。建議使用純化后的 PCR 產物進行無縫克隆反應,若PCR產物經瓊脂糖凝膠電泳鑒定為特異性擴增產物,可直接使用,但加樣體積不應超過總反應體積的20%。

 

4.重組反應

4.1于冰水浴中配置以下反應體系:

組分 反應體系 陰性對照 陽性對照 (可選)
FlyCut™ DNA Assembly Mix Plus 5ul 5ul 5ul
線性化載體(a) 50~200 ng 50~100 ng pUC19 Control Plasmid,Linearized, 1ul
插入片段(b) 10~200 ng - 500 bp Control,?Fragment, 1 ul
ddH2O 共計10ul

(a)最適載體用量 (ng) = 0.02 ×載體堿基對數,即03 pmol。

(b)插入單片段,最適片段用量(ng)= 0.04 ×片段堿基對數;插入多片段,每片段最適用量(ng)= 0.02 ×片段堿基對數。

重組反應體系配制完成后,用移液槍輕輕吸打混勻各組分,避免 產生氣泡,切勿渦旋。

4.2將反應體系置于 50℃,反應 5~60 min。

4.3將反應液離心管置于冰上冷卻,之后進行轉化或者儲存于 -20℃。

 

5.重組產物轉化

取 5~10ul反應液,加入到100ul感受態細胞中,緩慢吸打混勻,冰上放置 30 min。42℃熱激 45~60 sec,冰浴5 min。加500ul SOC或LB培養基,37℃ 振蕩培養40~60 min(200 rpm)。將菌液均勻涂布在含有對應抗生素的平板上,倒置于37℃過夜培養。

 

6.陽性克隆檢測

挑取單菌落至10ul ddH2O中混勻,95℃裂解10min后,取1ul裂解液作為模板,進行菌落PCR鑒定,或將單菌落接種至抗性培養基中培養過夜后,提取質粒進行酶切鑒定。陽性對照的陽性克隆檢測,菌落PCR引物使用通用引物M13F與M13R,酶切鑒定用HindIII與EcoRI。M13F:TGTAAAACGACGGCCAGT

M13R:CAGGAAACAGCTATGAC

 

Biogradetech生命科學和醫藥研發行業關鍵原料與試劑的供應商:Biogradetech成立于2015年,總部位于美國加利福尼亞州,早期以產品技術研發服務起家,逐步發展了廣泛的產品線,并將其商業化銷售,包括蛋白質、抗體、酶、培養基、試劑盒和儀器。適用于細胞生物學、蛋白質組學、分子生物學、免疫學、微生物學、診斷學、生物化學、神經科學、血液分析和高通量藥物篩選等領域。

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