激光掃描共聚焦顯微鏡利用激光束作為光源，并通過照明針孔對標本焦平面上的每個點進行掃描。它逐點激發樣品內的熒光，同時探測針孔會阻擋除焦點外的任何發射熒光（照明針孔與探測針孔對被探測點是共軛的，因此被探測點即為共焦點，其所在平面即為共焦平面）。這種方法有效地抑制了非聚焦平面上的雜散光，相較于普通的熒光顯微鏡，它具有更高的分辨率和清晰度。
1、開機
（1）打開 main switch，水平狀態為off，垂直狀態為 on；
（2）打開 Laser（轉動鑰匙），水平狀態為off，垂直狀態為on；
（3）打開 components
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（4）若需要在物鏡下面觀察熒光分布，打開金屬鹵化燈（注意30分鐘之內不要反復開關）；
（5）打開電腦注意，啟動軟件，選擇ZEN system（若關機則按照反向順序操作）。
2、參數設置及拍照
（1）上樣：向后推起顯微鏡鏡筒，倒扣放上已裝好樣品的載玻片，復位顯微鏡鏡筒（鏡筒一定要復位完全，否則激光器不發射激光）；
（2）在顯微鏡右側的顯示屏上，選擇需要的物鏡和模式（明場TL和熒光RL）： TL開啟，可以在物鏡下利用明場模式找到樣品位置。 RL開啟，在明確樣品位置已經進入視野后，利用鹵化燈激發熒光，觀察熒光分布。 物鏡：其中2.5x，10x，20x為空氣鏡，選擇該物鏡后即可直接觀察；40x為水鏡，需要以水作為介質觀察；60x，100x為油鏡，需要以油為介質進行觀察（使用鏡油后一定要清潔鏡頭，防止污染其他鏡頭）。
（3）軟件連接后點擊Locate，選擇相應的激發模塊，即可在目鏡下觀察樣品熒光狀態 ；
（4）當目鏡下確定準確的樣品位置后，點擊Acquisition，選擇smart setup設置通道數量和激發模塊；
（5）在smart setup中點擊“+”添加通道，根據樣品熒光性質選擇相應的通道（此處以GFP為例）；
（6）若選擇兩個通道，需要選擇Best Signal模式，此模式下信號強度和掃描速度均為最佳： Faster模式：兩通道同時掃描，可能出現串色。若樣品信號弱，熒光易淬滅可以選擇該模式，激光照射時間短，掃描速度較快。 Best Signal模式：該模式下，兩個通道依此進行掃描，不會出現串色情況，適用于信號強，不易淬滅或淬滅較少的樣品。 Smartest模式：兩通道時，掃描情況同Best Signal模式，但是在掃描過程中無法調節參數，若設置3通道時，則先掃描中間通道，再同時掃描兩端通道。
（7）在Acquisition中選擇image setup，調節通道參數 ： 吸收范圍：最大吸收值+20-30（若峰寬則吸收范圍大，反之則?。?，根據樣品表達情況調節吸收范圍。 添加明場模式：在任一通道下方點擊T-PMP即可添加明場模式（通常是在第一通道上添加）。
（8）在Acquisition mode中可以設置掃描參數（要在開始掃描前設置好，若開始掃描后需要重新調節，需要先停止掃描）； ? Scan Area：設置掃描范圍，也可以調節圖像角度； Frame size：設置分辨率，通常選擇1024*1024，分辨率越高掃描時間越長，長時間激光照射，容易損傷樣品； Averaging：可以提高圖像清晰度，但數值越大，掃描時間越長，速度越慢，越容易損失樣品。
（9）點擊開始掃描，可以根據圖像狀態，在channel中調節通道參數：數值越大，信號越強，但會過曝，其中熒光強度（GFP master gain）小于800，明場強度（T-PMP master gain）小于300；
（10）調節完畢后，點擊照相，點擊軟件右側圖像列表下方保存按鈕，保存圖片。
3、關機
按照開機順序反向操作即可，注意鹵化燈不要在30分鐘之內反復開光。
