STRING數據庫（https://cn.string-db.org/）是一款用于分析蛋白與蛋白相互作用（Protein-Protein Interaction，PPI）的常用公共數據庫，是一個綜合性的在線分析平臺。該數據庫不僅整合了部分實驗驗證的結果，亦包含部分經計算預測所得結果，在研究蛋白質功能，不同蛋白之間的相互作用及聯系等方面具有重要價值。
Cytoscape是一款常用的可視化分析軟件（下載網址：https://cytoscape.org/），可輕而易舉地依據實驗數據生成可視化網絡，方便快捷。
兩者聯合應用可迅速獲取PPI網絡圖并實現圖片美化操作。本文將以人類“TP53”蛋白為例，簡單介紹STRING數據庫與Cytoscape軟件的聯合應用。
一、STRING數據庫分析流程
1．進入STRING數據庫官網后，點擊“SEARCH”，即可進入如下界面，左側列為我們提供了一些常用的分析選項，通常以前三種最為常用，即可依次通過單個蛋白、多個蛋白或蛋白序列進行檢索（注意：多蛋白或蛋白序列檢索可支持文件上傳，方便快捷）；
2．選擇“Protein by name”即可對單個蛋白進行分析，此處我們選擇蛋白名為“TP53”，物種選擇為“Homo sapiens（人）”（注意：此處物種名均為拉丁名），點擊“SEARCH”即可；
3．檢索結果顯示，一共檢索到45個結果，選擇特定的一個結果進行分析即可，點擊“CONTINUE”；
4．即初步得到“TP53”蛋白的PPI網絡圖（圖4.左），節點的位置可以隨意拖動進行調整，以使其更加美觀（圖4.右），點擊任一節點，可顯示該節點處蛋白的基本信息（圖.4），完成第4步即已完成對“TP53”蛋白的初步分析，所得PPI網絡圖亦可直接導出使用；
圖4.左 |
圖4.右 |
 圖.4 |
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5．得到互作網絡圖后，我們會在圖下方看到一系列的標簽，點擊“Legend”，則可以看到關于該網絡圖的基本信息（圖.5-1），了解這些基本信息后，我們即可讀懂PPI網絡圖所傳遞的信息。一般情況下，為了更加全面地了解該蛋白，往往會進行部分參數調整，以探索更多與其相關的蛋白。
點擊“Settings”即可進行參數設置及調整，包括基礎設置及高級設置（圖.5-2），通常絕大部分選項采用默認即可，常需要改動如下內容對PPI網絡進行篩選，即“minimum required interaction score”——數值越大，節點（蛋白）越少；“max number of interactors to show”——數量越大，節點（蛋白）越多；“network display mode”——去除離散點，一般選第二個。點擊“UPDATE”即可完成設置。（注意：為方便后續Cytoscape軟件的介紹，此處將“max number of interactors to show”設置為“no more than 50 interactors”以得到更多蛋白（圖.5-3），大家在實際操作中按照自己的需求進行設置即可）；
（圖.5-1） 
（圖.5-2） 
（圖.5-3）
6．結果輸出及保存：點擊“Exports”，按照所需格式進行保存即可（圖.6-1）。若需用Cytoscape軟件進一步美化，則可提前打開Cytoscape軟件，點擊“Send network to Cytoscape”即可直接將網絡圖導入Cytoscape軟件（注意：有時會出現卡頓導致數據導出失?。?，因此更推薦大家下載保存為TSV格式，再用Cytoscape軟件打開（注意：此種方法有時亦會出現報錯的可能，可選擇直接將文件拖拽至Cytoscape軟件，即可成功打開）。
（圖.6-1）
7．關于“Analysis”和“Clusters”版塊的內容在此不做過多介紹，感興趣的同學可自行了解，主要包含對PPI網絡圖的總結分析，如GO富集分析、KEGG信號通路分析等（圖.7-1），以及是否對節點進行聚類分析等內容（圖7-2）。
（圖.7-1）
（圖.7-2）
三、?Cytoscape軟件圖片美化
采用Cytoscape軟件對經STRING數據庫分析所得PPI網絡圖進行美化大致可分為兩種情況：其一則是直接通過調整圖片顏色、線條、整體布局（注意：整體布局調整亦可手動調節或直接自動調節，較為靈活）等的調整以達到美化的效果；其二則是進階版，依據“Degree”值進行分類設置，以使圖片更加精致美觀的同時層次更加分明，下面我將以第二種方法進行介紹，相信大家在掌握第二種美化方法后對第一種基礎操作亦能游刃有余。
1．將STRING數據庫分析所得PPI網絡圖導入Cytoscape軟件（注意：在網絡圖所在區域滑動鼠標滑輪可對圖片進行縮放操作，選中單個或整體目標的操作同常規操作，在預覽框中移動鼠標亦可整體移動圖片所在位置）；
2．點擊“Style”可對節點的連接樣式進行選擇，以美觀為目的根據自己的主觀喜好進行選擇即可（圖2-1），亦可點擊選項，重新創建一個新的格式（圖2-2），為盡可能多地展示一些基礎設置，此處選擇最基礎的新建格式進行演示，新建后的效果如(圖.2-3)所示，可見網絡圖還原為最基本的結構；
圖2-1
圖2-2
圖2-3
3．點擊“Label”→“Column”選擇“Shared name”→“Mapping Type”選擇“Passthrough Mapping”，即可顯示出節點標簽；
4．根據“Degree”值進行分類：點擊“Tools”→“Analyze Network”→“OK”，即可在右下角顯示出Degree值，鼠標左鍵點擊“Degree”標簽，即可將所有數據按照大小順序排列；
緊接著，節點的顏色、大小、形狀均可按照Degree值進行分類調節，具體操作如下：
a.顏色調節：點擊“Fill Color”→“Column”選擇“Degree”→“Mapping Type”選擇“Continuous Mapping”效果如(圖.4-3)→點擊色卡，選擇自己喜歡的顏色進行設置即可，見(圖.4-4)，設置后的效果如(圖4-5)；
圖.4-3
圖.4-4
圖.4-5
b.節點的形狀、大小設置：形狀的設置點擊“Shape”進行設置即可，如（圖.4-6）；大小設置：點擊“Size”→“Column”選擇“Degree”→“Mapping Type”選擇“Continuous Mapping”（圖.4-7）→雙擊打開，對當前形狀的最大值及最小值進行設置，調整至事宜大小即可（圖.4-8），設置完成后的效果如(圖.4-9)所示，可以看到節點圓圈大小已按照Degree值的不同而顯示不同大?。ㄗ⒁猓捍颂幰廊灰詧A形進行演示，故而形狀不再單獨設置，僅對大小進行設置）；
圖.4-6
圖.4-7
圖.4-8
圖.4-9
c.分組：即將所有數據按照Degree值排布為幾個層次（注意：如何分組以及分組多少均以美觀為主，無特別規定，但建議大家將數值相近的分為一組，這樣后續進行樣式調整時也不會太突兀）。具體操作如下：選中待調整的數據，右鍵選擇“Select nodes from selected rows”（圖.4-10）→點擊“Layout”→“Attribute Cirde Layout”→“Selected nodes only”→“Selected”（圖.4-11）→拖動鼠標將該節點拖動至合適位置（圖.4-12）；多個節點同時選中時，操作同上，效果如(圖.4-13所示)，依次對所有數據進行調整即可；點擊“Layout”→“Layout Tools”→點擊“+”→“Degree Filter”，進而可以對不同層次圓圈間的間距大小等進一步進行調節美化（圖.4-14），最終效果圖見(圖.4-15)；
圖.4-10
圖.4-11
圖.4-12
圖.4-13
圖.4-14
圖.4-15
d.通過上述調整，我們發現整體布局已有很大程度的改善，但仍存在線條過于密集、圖片整體過于凌亂、標簽字跡不清，亦無法一眼找到我們輸入的目的蛋白，此時就需要進一步進行美化以使圖片更為美觀。具體操作非常簡單，僅需點擊“Style”依次對標簽、線條、字號等內容進行相應調節即可（圖.4-16）；
圖.4-16
e.圖片的保存：“File”“Export”“Network to Image”選擇圖片格式（一般為PNG格式）及存儲位置進行保存即可（注意：期刊要求通常為Tiff格式，但Cytoscape軟件無法保存為該格式，故可將其先保存為PNG格式后再導入AI等軟件再保存為Tiff格式）。
四、?注意事項
1．對圖片的調整應以美觀、簡潔、層次分明、布局清楚、主體突出等為原則，故而一定要多加嘗試，投稿時美觀的圖片會給審稿人留下好的印象分哦；
2．運用Cytoscape軟件時需靈活操作，并無特定模式，一切均以美觀為第一要義，根據自身喜好進行調整即可，如圖片可手動調節亦可自動調節；標簽的形狀各異、大小不同、色彩多樣；“Layout”中亦可自動選擇多種整體布局等等；
3．STRING數據庫及Cytoscape軟件常有更新，因此具體的操作與上述介紹并不完全一致，但不管版本如何更新，基本操作都是大差不差的，多加嘗試即可。
